No hay nada peor que dejar el control a un iluminado del orden y la justicia.

Es más o menos lo que ocurre en la academia Honnoji, un mega instituto de proporciones ciclopeas, gobernado no por su director, un mero peón, sino por Satsuki Kiryuin, presidenta del consejo de estudiantes, que ha establecido un sistema de castas entre los alumnos y los tiene sometidos gracias a su particular ejercito de estudiantes.

Su dominio no parece tener oposición hasta que aparece una nueva estudiante, Ryuko Matoi, que entra en la academia con el objetivo de encontrar pistas sobre el asesinato de su padre.

Hasta ahí suena extraño, pero perfectamente plausible. Ahora es cuando empieza lo bueno.

El sistema de castas de Kiryuin va por estrellas. Están los parias sin estrellas y luego los que de alguna manera se han ganado un puesto en el ejercito personal de la pequeña dictadora, a los cuales se les proporciona un uniforme especial (que van de una a tres estrellas) que les otorga poderes sobre humanos.

Ryuko, a pesar de contar con un arma especial (la mitad de unas tijeras enormes, única pista que tiene sobre el asesino de su padre) se topa de lleno con el inmenso poder de estos uniformes y no le queda más remedio que huir. Todo parece perdido hasta que, recorriendo nuevamente las ruinas de su antiguo hogar, encuentra algo tan poderoso como peligroso. Un uniforme hecho por su difunto padre, que le permite también desarrollar un poder ilimitado; pero a cambio de su propia sangre.

Este es, en resumen, el punto de partida de esta serie anime. Un anime de lucha contra el sistema jerárquico en toda regla, aderezado con una buena cantidad de humor absurdo y su obligatoria ración de fanservice.